La inestabilidad post-dictadura y segunda ocupación estadounidense (1965-1966)
Véanse también: Guerra Civil Dominicana y Ocupación estadounidense de la República Dominicana (1965-1966).
Ante la insistencia de los Estados Unidos, Balaguer se vio obligado a compartir el poder con un Consejo de Estado conformado por siete miembros, establecido el 1 de enero de 1962, e incluyendo moderados miembros de la oposición. Las sanciones de la OEA se levantaron el 4 de enero, y, después de un intento de golpe de Estado, Balaguer, renunció y se marchó al exilio el 16 de enero. El reorganizado Consejo de Estado, bajo la presidencia de Rafael Filiberto Bonnellyencabezó el gobierno dominicano hasta que pudieran celebrarse elecciones. Estas elecciones, en diciembre de 1962, fueron ganadas por Juan Bosch, un erudito y cuentista que había fundado en el exilio al opositor Partido Revolucionario Dominicano (PRD), durante los años de Trujillo. Sus políticas de izquierda, incluyendo la redistribución de tierras, la nacionalización de determinada participación extranjera, y los intentos llevar a los militares bajo el control civil, irritó a los oficiales militares, la jerarquía católica, y a la clase alta, que temían "otra Cuba". En septiembre de 1963, Bosch fue derrocado por un golpe militar de derecha encabezado por el coronel Elías Wessin y Wessin y fue reemplazado por una junta militar de tres hombres. Bosch fue al exilio en Puerto Rico.
Más tarde, un triunvirato civil estableció supuestamente una dictadura de facto hasta el 16 de abril 1965, cuando la creciente insatisfacción generó otra rebelión militar el 24 de abril de 1965 que exigía la restauración de Bosch. Los insurgentes, oficiales reformistas civiles y combatientes leales a Bosch al mando del coronel Francisco Alberto Caamaño, y que se hacían llamar los constitucionalistas, efectuaron un golpe de estado, tomando el palacio nacional. Inmediatamente, las fuerzas militares conservadoras, encabezadas por Wessin y Wessin y quienes se hacían llamar leales, respondieron con ataques de tanques y bombardeos aéreos contra Santo Domingo.
El 28 de abril de 1965, los militares del ejército anti-Boschistas solicitaron la intervención militar de EE.UU. y las fuerzas de EE.UU. desembarcaron, ostensiblemente para proteger a los ciudadanos estadounidenses y evacuar a otros ciudadanos extranjeros. En lo que fue inicialmente conocido como Operation Power Pack, 23,000 tropas estadounidenses fueron enviadas a la República Dominicana.
Denegando la victoria militar, los rebeldes constitucionalistas rápidamente formaron un Congreso constitucionalista eligiendo a Caamaño presidente del país. Los Funcionarios estadounidenses se opusieron y apoyaron general Antonio Imbert Barrera. El 7 de mayo, Imbert Barrera fue juramentado como presidente del llamado Gobierno de Reconstrucción Nacional. El siguiente paso en el proceso de estabilización, según lo previsto por Washington y la OEA, fue arreglar un acuerdo entre el presidente Caamaño, y el presidente Imbert Barrera para formar un gobierno provisional comprometido a elecciones anticipadas. Sin embargo, Caamaño se negó a reunirse con Imbert hasta que varios de los oficiales leales, incluyendo Wessin y Wessin, se hicieron para salir del país.
El 13 de mayo el general Imbert comenzó la Operación LIMPIEZA y sus fuerzas tuvieron éxito en la eliminación de focos de resistencia rebelde fuera de Ciudad Nueva y en censurar a Radio Santo Domingo. La Operación LIMPIEZA terminó el 21 de mayo.
El 14 de mayo los estadounidenses establecieron un "corredor de seguridad" que conectaba la Base Aérea de San Isidro y el Puente Duarte con el Hotel Embajador y la Embajada de Estados Unidos en el centro de Santo Domingo, tuvo esencialmente acordonado a la zona constitucionalista de Santo Domingo. Las carreteras fueron bloqueadas y las patrullas corrían continuamente. Unos 6.500 personas de muchas naciones fueron evacuadas a un lugar seguro. Además, las fuerzas de EE.UU. lanzaban por aire grandes suministros de socorro para los nacionales dominicanos.
A mediados de mayo, la mayoría de la OEA votó por la Operación PUSH AHEAD, la reducción de las fuerzas de Estados Unidos y su sustitución por una Fuerza Interamericana de Paz (IAPF). La Fuerza Interamericana de Paz (IAPF) se constituyó formalmente el 23 de mayo. Las siguientes tropas fueron enviadas por cada país: Brasil - 1130, Honduras - 250, Paraguay - 184, Nicaragua - 160, Costa Rica - 21 policías militares, y El Salvador - 3 oficiales de Estado Mayor. El primer contingente en llegar fue una compañía de fusileros de Honduras que pronto fueron respaldados por destacamentos de Costa Rica, El Salvador y Nicaragua. Brasil presentó la mayor unidad, un batallón blindado de infantería. El general brasileño Hugo Alvim asumió el mando de las fuerzas terrestres de la OEA, y el 26 de mayo las fuerzas de EE.UU. comenzaron a retirarse.
La lucha continuó el 31 de agosto de 1965, cuando se declaró una tregua. La mayoría de las tropas estadounidenses se marcharon poco después y la vigilancia y las operaciones de paz fueron entregados a las tropas brasileñas, pero un remanente de los militares de EE.UU. se mantuvo hasta septiembre de 1966. Un total de 44 soldados estadounidenses murieron, 27 en acción. 172 resultaron heridos en acción. Se estima que entre 6.000 y 10.000 dominicanos murieron, la mayoría civiles.
Frente a las amenazas y los ataques en curso, incluyendo un ataque particularmente violento en el Hotel Matum en Santiago de los Caballeros, Camaaño aceptó un acuerdo impuesto por el gobierno de EE.UU.. El Presidente Provisional dominicano, García Godoy, envió al coronel Caamaño como Agregado Militar de la Embajada Dominicana en el Reino Unido.